Superficies y segmentación
Parámetros medidos en cada imagen al cargarla (suavizado, diámetro, corte por regiones), separación de objetos en contacto y filtro de tamaño. Validada frente a 29.438 núcleos anotados por expertos.
Microscopía 3D y 4D en el navegador · gratuita
Pilas confocales TIFF, OME-TIFF, CZI y LIF analizadas en su navegador: segmentación automática con parámetros medidos sobre cada imagen, un asistente de IA que ejecuta el análisis y cita lo medido, desconvolución Richardson-Lucy, aprendizaje automático entrenado con sus propios ejemplos y la Cápsula FAIR para los revisores. Sin licencias de pago y sin subir una sola imagen: cada algoritmo calibrado frente a referencias conocidas, cada cifra con su procedencia y lo que no se puede medir, dicho con un guion y no con un número.
01 · Lo que hay detrás
Una imagen de fluorescencia de tejido con tres canales y una sola página: núcleos en azul y células marcadas en rojo y verde. La que ve de fondo mide 1920 × 1920 píxeles (el original, 3008 × 3008), y todo lo que aparecerá encima al desplazarse lo ha calculado MTZ² al cargarla, con la misma aplicación que usted va a abrir.
La imagen no trae calibración, así que lo que se mide sobre ella va en píxeles. Convertirlo en micras sin el tamaño de vóxel sería inventar un número, y eso es lo único que MTZ² se prohíbe.
02 · El color
Un TIFF RGB se lee como tres canales y se pinta con primarios puros a rango completo: son los únicos colores que, al sumarse, reconstruyen la imagen exactamente. Es lo que ve pasar en el fondo: el rojo, el verde, el azul y los tres juntos.
Fue un fallo real, informado con esta misma imagen: el 97,6 % de sus píxeles con señal dominan en azul, y el visor la pintaba en naranja y turquesa. La suite de fidelidad de color lo comprueba píxel a píxel.
03 · El umbral
El corte lo decide el método de Otsu: el valor que mejor separa dos poblaciones de intensidad. Sobre el canal azul de esta imagen sale 68, y es lo que ve barrer en el fondo: se ilumina lo que queda por encima.
Con iluminación desigual un solo corte no basta. En la prueba de referencia, el umbral global cuenta 48 objetos donde hay 16 discos, y el umbral por regiones encuentra los 16.
04 · Los objetos
Es la segmentación que MTZ² hace sola al abrir la imagen, con los valores que midió en ella. Los contornos que aparecen son los suyos, sin retocar.
Sin suavizado, el mismo método parte la cromatina en 5145 fragmentos y deja 893 «objetos» donde hay 646 núcleos. Y el filtro descarta 190 regiones por pequeñas y 13 por grandes, alguna de ellas un núcleo grande de verdad. Se cuentan los fallos junto a los aciertos: un método del que sólo se conocen los aciertos no es evaluable.
05 · Las dimensiones
Esta imagen tiene una sola página, y MTZ² la dibuja como lo que es. Con una pila Z la traza como volumen en la tarjeta gráfica; con una serie temporal la reproduce en 4D. El selector dice en todo momento qué es la imagen y cómo se está representando.
Los modos que los datos no admiten no desaparecen: se quedan en gris y explican por qué. «3D» sobre una sola página no daría una vista pobre, daría una pantalla vacía, indistinguible de un fichero que no cargó.
06 · El tiempo
El seguimiento asigna por optimización global, no por el vecino más próximo: cuando dos objetos se cruzan, cada uno conserva su identidad. Contra un paseo aleatorio de difusión conocida, así sale la medida:
Coeficiente de difusión en µm²/s, en la suite de seguimiento. La misma suite comprueba que la identidad sobrevive a un cruce y que un objeto que desaparece dos fotogramas se vuelve a enlazar.
07 · Sus datos
MTZ² se ejecuta en su navegador. Las imágenes se abren desde su disco y se procesan ahí: no hay subida, ni copia en un servidor, ni análisis en la nube. Lo único que guarda el servidor es su cuenta: nombre, correo, identificador de Google y fechas de acceso. Si activa el asistente de IA, al proveedor que usted elija sólo le llega texto, nunca píxeles.
Es comprobable: la política de seguridad de la aplicación sólo le permite conectar con su propio servidor (la página y el inicio de sesión), con el proveedor de IA que usted configure (texto) y con AlphaFold DB (un código de proteína). El navegador bloquea cualquier otra conexión, y ninguna de éstas lleva píxeles.
Qué mide
No son nueve programas: es un solo modelo de la muestra al que se le hacen nueve preguntas. Por eso el recuento de núcleos, su intensidad y su colocalización salen de la misma segmentación, con la misma calibración y la misma procedencia.
Parámetros medidos en cada imagen al cargarla (suavizado, diámetro, corte por regiones), separación de objetos en contacto y filtro de tamaño. Validada frente a 29.438 núcleos anotados por expertos.
Diferencia de gaussianas con precisión por debajo del vóxel y fondo local, y un filtro de aprendizaje automático que se entrena con los puntos que usted marca.
Líneas centrales geodésicas y análisis de Sholl. Si la estructura está fragmentada, lo dice en lugar de callarlo.
Asignación global, nacimientos y muertes, cierre de huecos, desplazamiento cuadrático medio y difusión aparente.
Pearson, Spearman y Manders, con umbral automático de Costes. Si un canal es constante, no devuelve un coeficiente: explica por qué.
Bosque aleatorio entrenado pintando sobre los cortes: hasta ocho clases y trece descriptores multiescala, reentrenado en milisegundos.
Regiones trazadas a mano y objetos editables, cada uno con su origen: medido, derivado o editado por el usuario.
Una regla que se detiene en la estructura y no en la caja, y barras de escala calculadas de la cámara y de la calibración.
Huella SHA-256 del conjunto de datos, párrafo de Métodos con sus citas y validación del instrumento en el propio navegador, con certificado.
Lo que aparece al calibrar
Ninguna es un adorno: todas están documentadas y cada cifra tiene su prueba. Casi todas son errores propios corregidos. Se publican porque un instrumento del que sólo se conocen los aciertos no es evaluable.
Una tabla de Marching Cubes incompleta medía el volumen de una esfera un 51,0 % por debajo. Hoy el error es del 0,1 %: 2141,47 µm³ frente a 2144,66 teóricos.
Cuando no podía calcular, el coeficiente de Pearson devolvía 0,75 fijo, indistinguible de una medida. Hoy no devuelve nada, y la interfaz dice el motivo.
Sobre iluminación desigual, el umbral global cuenta 48 objetos donde hay 16 discos. El umbral por regiones encuentra los 16, y declara en cuántas regiones decidió.
Una variable que nunca se asignaba hacía que todo CSV saliera con volumen igual a cero. Nadie lo había advertido, porque el cero parecía una medida.
Con pocas medidas, el intervalo de confianza al 95 % debe usar la t de Student: 3,213 a 6,787, no 3,518 a 6,482 como daba la aproximación normal.
Con etiquetas al azar, el clasificador memoriza el entrenamiento y, fuera de bolsa, cae al 51,5 %, que es el azar. Es lo que tiene que hacer un modelo que no se engaña a sí mismo.
El botón mostraba «Completado (+320 % SNR pico)» a los 300 ms sin tocar un píxel. Hoy ejecuta Richardson-Lucy: en un fantasma con ruido de Poisson, la correlación con el objeto verdadero pasa de 0,21 a 0,74, y el panel sólo muestra lo medido.
La textura 3D se recortaba siempre a 256 vóxeles por eje: el detalle fino se parecía a los datos en 0,125 y sólo se veía el 38 % de los puntos brillantes. A resolución nativa, 0,947 y 97 %.
El filtro de aprendizaje automático de los puntos anunciaba «Modelo entrenado» sin entrenar nada. Hoy aprende de los puntos que usted marca en el visor, con un bosque de 20 árboles, y declara su precisión fuera de bolsa.
La Cápsula FAIR rellenaba lo que faltaba con valores de ejemplo: 124 células, 642 puntos, 2141,47 µm³ y una huella SHA-256 fija, fuera cual fuera la imagen. Hoy sólo contiene lo medido en la sesión, y lo que falta aparece como «—».
El lector pedía el fichero entero de una vez, y Chrome no entrega más de 2 GB así: un OME-TIFF de 2,4 GB no llegaba a abrirse. Hoy se lee por trozos, plano a plano, sin límite de tamaño de fichero, y ese mismo se abre y carga en unos 15 s.
El lector de CZI buscaba el directorio 4 bytes antes de su sitio y no abría ningún CZI real; el de LIF leía la cabecera desde un byte equivocado y devolvía una imagen vacía de 512 × 512. Reescritos según la especificación, coinciden píxel a píxel con los lectores de referencia en ficheros de prueba y en adquisiciones reales: 5 CZI —entre ellos, Lightsheet con dos vistas y dos iluminaciones y un mosaico de 4,5 GB— y 2 proyectos LIF.
En 3D, el suavizado usaba en Z el mismo número de vóxeles que en XY: con un paso Z de 1 µm y píxel de 0,2 µm, cinco veces lo previsto, y los núcleos apilados se fundían (F1 0,088 en el peor caso del banco con verdad conocida). Con el mismo σ en micras en los tres ejes, 0,900; de media, de 0,67 a 0,94. En 2D no cambia nada.
La corteza donde se mide el fondo de cada punto caía en la cola del propio punto: hasta 88 niveles de más con Z fino, y la intensidad corregida salía baja. Entre 2 y 3 radios y con la mediana, el error medio pasa de 34 a 2,5 niveles. El control «Diámetro» del asistente, además, era el radio: ahora lo dice.
Sin suavizado, la segmentación de la imagen del fondo parte la cromatina en 5145 fragmentos. Por eso el suavizado se mide en cada imagen: aquí, 3 px, que dejan 646 núcleos.
El método
Un método propio que nadie puede auditar no sirve para un artículo. Uno construido sobre Otsu (1979), Lorensen y Cline (1987), Sholl (1953), Manders (1993), Costes (2004) o Breiman (2001), sí: se le puede pedir el contraste. Nadie es titular de una ecuación; lo que se cuida es la implementación. Ésta es la del umbral que ha visto barrer en el fondo.
Aprendizaje automático
Con fotoblanqueamiento, atenuación en profundidad o autofluorescencia (lipofuscina, colágeno, agregados de anticuerpo), un único umbral de intensidad separa mal la señal del fondo. MTZ² ofrece dos clasificadores de bosque aleatorio (Breiman, 2001) que aprenden de lo que usted marca, en su navegador.
Tras detectar los puntos, haga clic en el visor sobre unos cuantos verdaderos y unos cuantos falsos (restos, ruido, lipofuscina). Un bosque de 20 árboles aprende de 8 descriptores de cada punto —radio, pico, fondo, SNR, FWHM, respuesta DoG…— y un deslizador filtra el resto por su probabilidad.
Pinte trazos sobre los cortes con hasta ocho clases. Un bosque de 40 árboles aprende de 13 descriptores multiescala de cada vóxel —intensidad, suavizado, gradiente, diferencia de gaussianas y varianza local— y clasifica el volumen entero; cada clase se mide después como superficie.
Cada entrenamiento declara su precisión fuera de bolsa y avisa cuando hay pocos ejemplos. Con etiquetas al azar cae al 51,5 %, el azar. Se entrena en milisegundos, en la memoria de su ordenador: ni un vóxel sale de él.
Novedades para investigación y medicina
Pensadas para el científico, el investigador biomédico y el profesional de la medicina que investiga. Cada una hace hoy lo que aquí se dice, en el navegador y sin enviar sus imágenes a ningún sitio; lo que todavía no está terminado se dice al final, como tal.
Pídale en lenguaje natural «segmenta los núcleos del canal DAPI, cuenta los focos de γ-H2AX y redacta los métodos». El asistente carga, segmenta, detecta y mide con las mismas funciones que los botones (18 herramientas), responde con las cifras obtenidas —nunca con otras— y consulta el Manual. Razona como un especialista en microscopía, anatomía patológica, microbiología y genética, y recuerda que MTZ² no es un producto sanitario. Funciona con Claude, Gemini, OpenAI o un modelo local (Ollama), con su propia clave.
Al abrir una imagen, MTZ² mide sobre ella el suavizado, el diámetro de los objetos y el corte por regiones, y segmenta sola. Validada frente a 29.438 núcleos anotados por expertos: F1 de 0,899 (BBBC039) y 0,790 (DSB 2018). Un campo sin objetos se declara vacío en lugar de inventarlos.
Con la longitud de onda, la apertura numérica y el índice del medio, modela la PSF (gaussiana teórica de Zhang et al., 2007) y restaura imágenes 2D o pilas 3D en segundo plano. El resultado es un canal nuevo —el original no se toca— y el panel sólo muestra lo medido. En un fantasma con ruido de Poisson, la correlación con el objeto verdadero pasa de 0,21 a 0,74.
Un único .html que se abre sin conexión: huella SHA-256 de los vóxeles, calibración, figura, párrafo de Métodos en texto y LaTeX, tabla y CSV con procedencia, malla OBJ y gráfica SVG. Todo sale de la sesión y lo que no se ha medido aparece como «—». No contiene los píxeles de la imagen.
Descarga por código UniProt la estructura predicha de una proteína, calcula su fiabilidad pLDDT residuo a residuo y dibuja su cadena Cα en el centroide de sus puntos fluorescentes. Una proteína mide nanómetros, muy por debajo de la resolución óptica: se dibuja ampliada y MTZ² indica el aumento.
La imagen 2D se muestra idéntica píxel a píxel al fichero, y el volumen 3D se traza a su resolución nativa, hasta el límite de la tarjeta gráfica, con más de 8 bits. Frente a la versión anterior, el detalle fino pasó de parecerse a los datos en 0,125 a 0,947, y los puntos brillantes visibles, del 38 % al 97 %.
Todavía no: Live Sync, la revisión de una muestra 3D a la vez desde varios ordenadores, está en desarrollo y no transmite nada. El lector OME-Zarr es experimental: lee los metadatos de la pirámide, pero aún no visualiza sus bloques.
Dónde encaja
MTZ² reúne en el navegador buena parte del flujo de trabajo de Imaris 11 —superficies, puntos y filamentos, seguimiento 4D, colocalización, clasificación por aprendizaje automático, gráficos Vantage y espinas dendríticas— y añade funciones propias, marcadas como nuevas. La tabla compara capacidades, no calidad: para volúmenes de cientos de gigabytes o módulos muy especializados, una estación de trabajo con Imaris o Fiji sigue siendo la herramienta adecuada.
| Capacidad | Imaris 11 (comercial) | Fiji / ImageJ (libre) | MTZ² (navegador) |
|---|---|---|---|
| Instalación | Aplicación de escritorio (Windows y macOS) con licencia | Aplicación Java de escritorio; plugins que gestiona el usuario | Cero instalación: se abre en el navegador |
| Coste | Licencia comercial (precio bajo presupuesto) | Gratuito (código abierto) | Gratuito para investigación, con cuenta de Google |
| Nuevo Asistente de IA | Sin asistente conversacional que ejecute el análisis | Macros y scripts escritos a mano | Agente que ejecuta el análisis con 18 herramientas y cita lo medido (Claude, Gemini, OpenAI u Ollama) |
| Nuevo Segmentación al cargar | Asistentes con parámetros que ajusta el usuario | Plugins como StarDist o Cellpose, con modelos preentrenados | Parámetros medidos en cada imagen: F1 0,899 (BBBC039) y 0,790 (DSB 2018) sobre 29.438 núcleos |
| Nuevo Desconvolución | ClearView, según versión y licencia | DeconvolutionLab2 y otros plugins | Richardson-Lucy 2D/3D con PSF gaussiana teórica, en un canal nuevo y con métricas medidas |
| Nuevo Fidelidad de la visualización | Render de volumen por GPU | 3D Viewer y BigDataViewer | 2D idéntico píxel a píxel (RGB) y volumen 3D a resolución nativa con más de 8 bits, verificados frente a los datos; abre con los colores y la ventana guardados en ZEN, con tablas de color como Fire o Viridis |
| Nuevo Evidencia para revisores | Estadísticas en CSV o Excel; el .ims se abre con el visor gratuito Imaris Viewer | TIFF, CSV y macros por separado | Cápsula FAIR: un .html con SHA-256, figura, Métodos, CSV y malla, que se abre sin instalar nada (sin los píxeles) |
| Nuevo Aprendizaje automático | Clasificación de objetos por aprendizaje automático, según versión | Trainable Weka Segmentation y Labkit (píxel) | Bosques aleatorios entrenados con sus ejemplos: puntos marcados con clics (8 descriptores) y píxeles pintados (13 descriptores, hasta 8 clases), con precisión fuera de bolsa |
| Nuevo Estructura molecular | No incluida | No incluida (herramientas externas como ChimeraX) | AlphaFold DB: estructura predicha con su pLDDT, dibujada ampliada en el centroide de los puntos |
| Nuevo Manual | Documentación y tutoriales del fabricante | Wiki y foro de la comunidad | Manual científico y médico en español, con fundamentos, recetas y aplicaciones biomédicas; el asistente lo consulta |
| Nuevo Formatos de microscopio | Abre los formatos de los fabricantes y los convierte a .ims | Bio-Formats: más de 150 formatos | Lectura directa de TIFF, OME-TIFF, BigTIFF y LSM, de CZI de Zeiss (sin comprimir o Zstd, con escenas, mosaicos y las vistas e iluminaciones de Lightsheet) y de LIF de Leica (todas las series), con su calibración, sus canales y sus series temporales |
| Nuevo Ficheros grandes | Formato .ims multirresolución para conjuntos de cientos de GB | Pilas virtuales y BigDataViewer | Lectura por trozos, sin límite de tamaño de fichero, y análisis por bloques a resolución nativa hasta la memoria asignada (1,6 GB de datos por defecto, ampliable a 8 GB); por encima, remuestreo en XY declarado |
| Privacidad de las imágenes | Procesamiento en la estación de trabajo | Procesamiento en la estación de trabajo | Procesamiento en su navegador: 0 bytes de imagen enviados a la red |
| Recetas de análisis | Procesamiento por lotes desde Arena, según versión | Macros y scripts | Recetas .mtzwf en JSON abierto con huella SHA-256, comprobada al importarlas |
| Detección dentro de una región | Puntos y filamentos dentro de superficies | Máscaras que prepara el usuario | Puntos confinados a una superficie elegida |
| Enmascaramiento de canales | Enmascarar un canal dentro o fuera de una superficie | Image Calculator sobre una copia | Canal nuevo con la señal dentro o fuera de los objetos y su fracción de intensidad; el original no se toca |
| Gráficos (Vantage) | Imaris Vantage, según licencia | Gráficos básicos; se suele exportar a R o Prism | Vantage 1D/2D: cajas de Tukey, violines KDE, regresión y elipses del 95 %, selección enlazada con el 3D y SVG |
| Espinas dendríticas | Filament Tracer con detección de espinas | Plugins de trazado | Diámetro por FWHM y por esfera inscrita, y clasificación en 4 tipos |
| Espacios de trabajo | Imaris Arena para proyectos y lotes | Ventanas independientes | Modo Arena y 7 espacios de trabajo |
| Procedencia y Métodos | Registro de los parámetros de cada creación | Registro de comandos (Recorder) | Párrafo de Métodos con citas, huella SHA-256 del conjunto de datos y validación con fantasmas en el navegador |
Comparativa elaborada con la documentación pública de cada producto en septiembre de 2026. Las funciones, módulos y precios de terceros cambian con cada versión y licencia: compruébelos con su fabricante. «Nuevo»: añadido en esta versión de MTZ². Los lectores de CZI y LIF se han validado píxel a píxel frente a czifile y readlif con ficheros de prueba y con adquisiciones reales (5 CZI y 2 proyectos LIF); conviene comprobarlos también con las de su propio microscopio. Imaris es una marca de Oxford Instruments (Bitplane); Fiji e ImageJ son software libre.
Lo que se lleva puesto
Una medida que no se puede llevar al cuaderno de laboratorio o a la publicación no sirve de nada. Todo sale con la procedencia pegada: qué imagen, qué calibración y qué parámetros produjeron cada número.
Evidencia autocontenida para revisores: huella SHA-256, figura, Métodos, CSV y malla, sin instalar nada.
En inglés, con citas: sólo lo que se ejecutó, con sus parámetros. También lo redacta el asistente de IA.
Objeto a objeto, con estadística descriptiva, recuento célula a célula y procedencia.
Los pasos ejecutados y sus parámetros en JSON abierto, con huella SHA-256 que se comprueba al importarla.
El estado del análisis y sus parámetros, para retomarlo o compartirlo con un colega.
Cajas de Tukey, violines KDE y regresión 2D en gráficos vectoriales listos para imprenta.
Estanca y calibrada métricamente, para imprimir en 3D una estructura segmentada.
Con normales, para Blender, MeshLab, ParaView y otros visores 3D.
La vista tal como se ve, con su barra de escala, para figuras y presentaciones.
El resultado de medir en su navegador fantasmas de geometría conocida con los mismos motores.
Ningún camino de ejecución produce un número que el usuario no pueda distinguir de una medida real.
Compromiso y servicios
El análisis cuantitativo de microscopía debe estar al alcance de cualquiera: una investigadora, un técnico de un servicio de imagen, un docente o un estudiante. Por eso MTZ² es y seguirá siendo gratuito, sin tarjeta y sin límite de uso; basta una cuenta de Google. El proyecto se sostiene donde de verdad hay trabajo humano detrás: asistencia, implantación, formación y las aportaciones voluntarias de quien lo usa.
0 €/ para siempre
Todas las herramientas de análisis, en su navegador, con una cuenta gratuita de Google.
9,99 €/ mes
Acompañamiento directo del autor para preparar sus imágenes, elegir los parámetros e interpretar lo que devuelve MTZ².
A consultar/ según alcance
Adaptar MTZ² a los formatos y protocolos de su laboratorio, y enseñar a su equipo a medir con él.
Mecenazgo técnico y apoyo al proyecto
MTZ² es y seguirá siendo gratuito. Si le ahorra trabajo, le ayuda a preparar una figura o simplemente cree que este tipo de herramientas deben existir, puede contribuir a su mantenimiento y desarrollo continuo con la cantidad que considere, coordinándolo directamente por correo.
imagine@intelligentia.dev
GRACIAS a cuantos usan, comparten y mejoran esta herramienta: investigadoras, técnicos de imagen, docentes y estudiantes. Sin esa confianza este proyecto no existiría.
La aplicación completa, el manual con recetas paso a paso y las muestras de demostración para probar sin imágenes propias. Una cuenta de Google y listo: sin tarjeta y sin instalar nada.